Sve je počelo na tvrđavi sv. Mihovila na Božić 1066. kad je Šibenik utemeljen darovnicom kralja Petra Krešimira IV.  zbog čega je ostao poznat kao Krešimirov grad.

Šibenik je po mnogočemu jedinstven u svom postojanju. U svojih 958 godina još po mnogo čemu je bio poseban i prvi. Prvi  je grad na svijetu koji je dobio javnu električnu rasvjetu 1895, hidroelektrana na slapovima Krke proradila je također 1895. kao prva u Europi, svega dva dana nakon prve na svijetu na slapovima Nijagare što ostaje impresivno i danas.

Kad su Mleci vladali Dalmacijom u 15.st. bio je prvi grad koji je kovao vlastiti novac, poznat kao šibenski bagatin.

Iako se grad Šibenik prvi put spominje u 11. stoljeću, tragovi naseljenosti mogu se uočiti već od prapovijesnog doba. Šire područje grada bilo je naseljeno već u neolitiku, o čemu svjedoče bogati arheološki nalazi s lokaliteta Danilo, eponimnog nalazišta Danilske kulture.

U željeznom dobu područje grada naseljavalo je ilirsko pleme Liburna. S obzirom na to da je šibenska luka jedna od prirodno najzaštićenijih luka istočnog Jadrana, u koju je ulaz moguć samo kroz uski kanal sv. Ante, oduvijek je bila logična pretpostavka da su Liburni, kao vrsni pomorci, morali imati nekakvu vrstu kontrole nad njom.

Važnost kontrole nad šibenskom lukom bila je utoliko veća i zbog njenog položaja na ušću rijeke Krke kojom se dalje moglo nastaviti prema Skradinu, jednom od važnijih liburnskih sjedišta. Dokazi za ovu pretpostavku su materijalni ostaci liburnske kulture (uglavnom se radi o ostacima keramike) pronađeni prilikom istraživanja tvrđave Sv. Mihovila podignute nad gradom, a očito na mjestu nekadašnje liburnske gradine.

Ulaskom Hrvatske u državnu zajednicu s Ugarskom 1102. godine ugarsko - hrvatski kraljevi postali su i suvereni Šibenika. Godine 1116. Šibenik su osvojili Mlečani i zadržali ga do 1124. godine, a 1167. Šibenik se sklopljenim mirom između Hrvatsko-Ugarske i Bizanta našao pod vlašću Bizanta do 1180. god. Nakon toga Šibenik je vraćen u sastav ugarsko-hrvatske države.