Vijest o smrti Ivana Šuker objavio je Večernji list.

Na izborima 2000. postaje saborski zastupnik HDZ-a. Bio je članom Odbora za financije i državni proračun te član Odbora za lokalnu samoupravu.

Te godine je postao i čelnik Gradskog odbora HDZ- a te gradonačelnik Velike Gorice. Izabran je i u Predsjedništvo HDZ-a. Na unutarstranačkim izborima na VII. Općem saboru HDZ-a 2002. podržavao je Ivića Pašalića a ne Ivu Sanadera.

Pa ipak, na tom Saboru izabran je za potpredsjednika te stranke. Nakon izbora 2003. postaje ministar financija u vladi Ive Sanadera. Na toj dužnosti je ostao sve do 2008. Smijenila ga je Jadranka Kosor pri rekonstrukciji vlade u kojoj su otišla još tri ministra.

Na sjednici Predsjedništva stranke poručio joj je kako joj to „nikada neće oprostiti“. Naslijedila ga je Martina Dalić.

Nakon odlaska s te dužnosti aktivirao je svoj saborski mandat.