Tonko Ninić uvijek je bio vezan uz Šibenik, grad svog porijekla, i naravno Zagreb, u kojem je živio od ranog djetinjstva. Tu je diplomirao violinu na Muzičkoj akademiji u klasi Vaclava Humla i Ivana Pinkave i odmah započeo svoj životni put vrhunskog interpreta. Od 2008. godine je profesor emeritus. Od 1957. do 1997. djelovao je kao član, potom koncertni majstor i voditelj ansambla Zagrebačkih solista, a vodio je i Komorni studio Zagrebačke filharmonije.

Kao solist nastupao je na mnogobrojnim recitalima i uz Zagrebačke soliste, te kao komorni glazbenik u Triju Orlando, ali i uz gitarista Darka Petrinjaka u duu. Povremeno je nastupao i kao dirigent.

Tijekom duge i bogate karijere Ninić je koncertirao u većini zemalja Europe, Sjeverne i Južne Amerike, Australiji i Novom Zelandu, a snimio je samostalno i sa Zagrebačkim solistima niz gramofonskih ploča i kompaktnih diskova. Bio je član brojnih žirija i stručnih komisija na violinističkim natjecanjima.

Gradonačelnik Šibenika Željko Burić uputio je brzojav sućuti obitelji Tonka Ninića koji je, u profesionalnom i ljudskom smislu bio i ostao uzor svima koji su ga poznavali i voljeli.